O Conselho do Ministério é o órgão consultivo de natureza técnica e administrativa, integrado pelo Ministro, e pelos dirigentes dos serviços centrais do Ministério, pelos assessores do Ministro, pelos dirigentes dos organismos autónomos da administrativa indirecta sob a superintendência do Ministro.
Compete ao Gabinete tratar do expediente pessoal do Ministro, bem como desempenhar funções de informação, documentação e outras de carácter político ou de confiança.
A Inspecção-Geral da Defesa (IGD) é o órgão de apoio técnico e de controlo da correcta administração dos meios humanos, materiais e financeiros postos à disposição das Forças Armadas, demais organismos e serviços integrados no MDN ou sob tutela do Ministro da Defesa Nacional.
A Direcção Nacional da Defesa (DND) é o serviço central especialmente incumbido de proceder ao planeamento sectorial e articulação interdepartamental, assessoria jurídica e consulta nos domínios das políticas de segurança nacional e defesa nacional, coordenação nos domínios das políticas de pessoal, infra-estruturas, armamento e equipamentos e do apoio técnico qualificado ao Ministro.
A Direcção Geral de Planeamento, Orçamento e Gestão (DGPOG), é um serviço central de assessoria geral e especial, interdisciplinar e de apoio técnico do MDN na formulação e seguimento das politicas públicas do sector e de apoio técnico e administrativo na gestão orçamental, recursos humanos, financeiros e patrimoniais e bem como na área da modernização administrativa.